沼氣脫硫劑在使用過程中，其床層內硫的軸向可分為3個區域。如原料氣從上部進入，則上層為飽和區，隨著反應的不斷進行，區內生成的硫化物量逐漸增加，而反應逐漸減慢，飽和區高度隨著脫硫時間增長而增加。中層為傳質區(主要反應區)該反應相當迅速，直至達到平衡濃度。下層為清潔區，也就是沒有與H2S反應過的新鮮氧化鐵脫硫層。隨著脫硫時間的增長，整個軸向分布逐步向下移動，直至清潔區消失，出氣口泄硫，當出氣口硫化氫含量大于工藝指標時，即為穿透。影響脫硫反應的主要因素除沼氣脫硫劑本身性質外還有以下一些因素：
        (1)煤氣中其它雜質：煤氣中的焦油、萘、灰塵等雜質，會使沼氣脫硫劑結成硬塊，導致箱內阻力升高，脫硫效率下降，沼氣脫硫劑使用壽命降低。煤氣中的含氨量過多或過少時，均將使沼氣脫硫劑處于酸性狀態，引起脫硫效率下降。
        (2)溫度
        溫度對脫硫效率影響很大，溫度過高(40℃一50℃)，將使氧化速度大大加快，相對降低了硫化氫的反應速度，還會使Fe2S3•H2O失去所帶水分而成為不帶水Fe2S3；在氧化時將產生硫酸鹽，從而使沼氣脫硫劑呈酸性。溫度過低時，將大大降低沼氣脫硫劑與硫化氫的反應速度，煤氣中的水分也因溫度過多而冷凝下來，使脫硫效率下降。
        (3)水分
        適量的水分在沼氣脫硫劑中的作用有：
        1) 能保持硫化氫與氧化鐵足夠的接觸時間
        2) 是免除沼氣脫硫劑結塊的因素之一
        3) 能溶解一部分在凈化過程中所產生的鹽類，這些鹽類大部分包裹在氧化鐵的表面，影響脫硫效果。
       （4）含氧量
        煤氣在進入脫硫箱前必須含有一定量的氧氣，使箱內硫化鐵得以再生至一定程度，有利于延長脫硫劑的使用周期。但若含氧量過高能加速對鐵板的腐蝕和生成煤氣膠；過低時不利于沼氣脫硫劑再生。
       （5）pH值(酸堿度)
        因為堿度對沼氣脫硫劑有穩定的作用，在堿性適合的情況下Fe2S3•H2O能很好的氧化成為Fe203•H20，是優良的脫硫原料，在堿性環境下能加速氧化鐵和硫化氫之間的反應速度。
       （6）煤氣在箱內的流向對脫硫效率的影響
        煤氣在箱內的流向，可分為向上流、向下流兩種。向上流阻力上升得快，煤氣須經過柵格而進入底層脫硫劑，造成底層析硫嚴重，所以阻力升高快。如果焦油脫除效果差，則底層沼氣脫硫劑迅速被粘住堵塞，影響脫硫效率。向下流阻力上升慢，但在阻力突然升高后，只需更換上層脫硫劑即可。